Bence her iki fıkra birlikte değerlendirilmeli.
Bir işletmede hem süreli hem süresiz izinler/lisanslar varsa, süresiz olanların geçerliliğinin bitiş tarihi 2. fıkraya göre 01.04.2012 olarak değerlendirilmeli. Buna göre tüm izinler/lisanslar, bitiş tarihine göre sıralandığında, geçerliliği 01.04.2012 tarihinden önce biten izin/lisans söz konusu ise onun bitiş tarihine göre, eğer değilse 01.04.2012 tarihine göre başvuru yapılmalı diye düşünüyorum. Ondan sonrasında zaten, çevre izin veya çevre izin ve lisans şartlarında değişiklik olmaması durumunda, 5 yılda bir yenilenmeli.
Ancak ikinci fıkrada geçen ücret konusunda emin değilim, hem süreli hem süresiz olanlar varsa ücret talep edilir diye tahmin ediyorum.